巨大生物「怪獣」の出現と、その怪獣をも駆逐する究極の存在「ゴジラ」。人類は敗走を重ね、ついに地球脱出を計画。そして2048年、人工知能による選別を受けた人間だけが恒星間移民船・アラトラム号で11.9光年の彼方にある「くじら座タウ星e」を目指し旅立った。しかし、20年かけてたどり着いたタウ星eの地球との環境条件差は、人類が生存可能な環境と呼べるものではなかった。移民船に乗る一人の青年・ハルオ。ゴジラに両親を殺され、20年の間、地球に戻りゴジラを倒すことだけを考え続けていた。船内でハルオを中心とした「地球帰還派」は主流となり、地球を目指す。だが、帰還した地球は、既に二万年の歳月が経過し、地上はゴジラを頂点とした生態系による未知の世界となっていた。人類は地球を取り戻せるのか。そして、ハルオの運命は―――。